分子动力学模拟

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分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟（动力学模拟）是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，它以经典力学、量子力学、统计力学为基础，利用计算机数值求解分子体系运动方程的方法，模拟研究分子体系的结构与性质。01分子动力学模拟背景 作为继实验和理论两种研究方法之后，研究分子体系结构与性质的第三种科学研究方法，分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域，起到越来越重要的作用。 该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。 主要优点：动态的研究方法、丰富的分析手段、可与分子对接、药效团等分子模拟方法无缝结合等。02分子动力学模拟难点 目前常用的分子动力学软件有AMBER，GROMACS和NAMD等，掌握熟练精湛的软件使用技术，依托平台计算资源，短时间内可进行100ns时间跨度动力学模拟。 通过对模拟轨迹进行聚簇等分析，可获得分子间各状态相对稳定构型，并通过分析分子间相互作用模式和相互作用能等来鉴定分子间作用机理。

03分子动力学模拟的研究内容 分子动力学模拟的研究内容主要有以下6个方面：

1. 自组装模拟

2. 大分子与小分子相互作用（药物与靶标相互作用）

3. 大分子之间的相互作用（蛋白-蛋白相互作用）

4. 溶剂与溶质相互作用

5. 大分子、小分子三维结构的优化

6. 结构与功能、性质的关系

04分子动力学模拟服务内容目前常见常用的分子动力学模拟可选的分析项目有以下7种：

1. 分子构象采样（聚类分析、优势构象识别）

2. 相互作用分析（氢键网络、Contact-Map）

3. 结合自由能计算（MM-PBSA、TI、FEP）

4. 骨架波动分析（RMSD、RMSF）

5. 热点残基分析（Alanine-scanning, Energy-decomposition）

6. 构象转变分析（PCA、Energy-landscape plotting）

7. 理化性质分析（能量、体积、压强、温度、密度监测）

05分子动力学模拟服务特色与优势 研锦生物是一家专为生物制药领域提供分子动力学模拟服务的专业信息科学整体解决方案公司，团队成员均为来自海内外著名高校或科研机构的研究人员，在药物和生物体系的分子动力学模拟方面拥有丰富的经验。已经独立或协助客户完成了大量相关课题，通过实验和计算相辅相承，很多成果都发表在生命医药领域的各类著名SCI期刊。我们的研究人员通常要求对生物实验也有充分的了解，可以通过简单的描述快速了解项目的情况，并根据委托方需求，迅速建立一套可行的研究方案，省去大量文献调研的时间。 此外，我们与多个高校或研究机构有合作，对于一些复杂问题可以咨询业内专家的意见与建议。全部计算完成之后，可以按照委托方的要求出具中英文分析报告，也可以协助英文学术论文或专利等的写作，以及提供投稿建议等。